Der Legende nach wurde das Gnadenbild von Maria Linden nach langer Kriegszeit in der Höhlung eines Lindenbaumes wiedergefunden.
Historisch geht die Wallfahrt vermutlich auf eine christlich umgewidmete heidnische Kultstätte zurück. Die erste urkundliche Erwähnung von Maria Linden datiert von 1484. Fromme Bewohner aus der Umgebung bitten den Bischof von Straßburg um den Neubau einer Kirche. Bischof Albert von Straßburg gewährt dies an dem Ort bei den sieben Linden, „wo die Gottesmutter und Jungfrau Maria sich bereits durch viele Wunder geoffenbart hat“.
Ab 1639 sorgen Jesuiten nach den Wirren der Reformation für ein Wiedererblühen der Wallfahrt. Unter ihrer Regie wird 1756 das Langhaus im barocken Stil erweitert und mit Unterstützung des Markgrafen von Baden die barocke Inneneinrichtung angeschafft.
Energischer Widerstand der Gläubigen verhindert 1783 den Abriss der Wallfahrtskirche unter Kaiser Josef II. und eine erneute Aufhebung der Wallfahrt und Zerstörung der Kirche durch Generalvikar Wessenberg (Anfang 19.Jh).
Während des Kulturkampfes unter Reichskanzler Bismarck wird Maria Linden zum Schauplatz imposanter Glaubenskundgebungen mit bis zu 16000 Teilnehmern. Anlässlich des 450. Jubiläums der Wallfahrtskirche, ein Jahr nach der Machtergreifung der Nationalsozialisten, bekennen sich 20000 Gläubige zu Christus und seiner Kirche.
Ab 1936 wirken Kapuziner segensreich in Maria Linden. Seit 1994 betreuen Augustiner Chorherren, Brüder vom Gemeinsamen Leben den Wallfahrtsort.
